Au fur et à mesure que les agriculteurs de jardin forêt revisitent leurs conceptions/plan, notamment leurs cartes de vue latérale, ils remarqueront des lacunes dans les espaces verticaux qui se développent. Pour combler ces lacunes de manière appropriée, il est essentiel que les agriculteurs identifient où se trouve chaque couche végétative et quelles espèces sont les plus adaptées. Voici les sept couches :

1. Les plantes de la canopée : la couche la plus haute, d'une hauteur moyenne de plus de 25 m, est souvent composée de feuillus matures, d'arbres fruitiers ou de noix.
2. Les plantes de la sous-canopée : les arbres plus courts qui prospèrent sous la canopée, y compris les fruits de taille petite à moyenne et les arbres fixateurs d'azote non taillés qui pourraient être laissés pour produire des semences.
3. Les plantes arbustives : des petits arbres et arbustes qui préfèrent un peu d'ombre, comme le caféier et le cacaoyer,
4. Les plantes herbacées : des plantes plus courtes, souvent comestibles et médicinales.
5. Les plantes grimpantes : les plantes qui grimpent dans la sous-canopée et dans la canopée.
6. Les plantes couvre-sol : les plantes utilisées pour protéger le sol en conservant l'humidité, en réduisant l'érosion et en augmentant la fertilité.
7. Plantes souterraines ou à racines profondes : des légumes-racines comme les pommes de terre, les carottes, les tubercules et les oignons. De plus, les creuseurs et les mineurs sont des plantes à racines profondes qui aident à l'infiltration de l'eau en "labourant" le sol et peuvent servir de pompes à nutriments qui transfèrent les nutriments des profondeurs du sol jusqu'à la surface par décomposition.